แพทย์จะให้การดูแลรักษา ดังนี้
1. ถ้าเริ่มมีอาการในระยะแรก แพทย์จะให้ยาลดการสร้างกรดกลุ่มยับยั้งโปรตอนปั๊มป์ (เช่น โอเมพราโซล, แพนโทพราโซล, แลนโซพราโซล, ราบีพราโซล เป็นต้น) นาน 2 สัปดาห์ ถ้าดีขึ้นให้กินต่อจนครบ 3 เดือน
2. ถ้ากินยาดังกล่าวนาน 2 สัปดาห์แล้วไม่ดีขึ้น มีอาการเป็น ๆ หาย ๆ เรื้อรัง มีอาการเสียงแหบ เจ็บคอหรือไอเรื้อรัง หรือมีอาการผิด ปกติอื่น ๆ ร่วมด้วย (เช่น เจ็บหน้าอกเวลากลืนอาหาร กลืนลำบาก หายใจลำบาก อาเจียน ซีด ตาเหลือง น้ำหนักลด คลำได้ก้อนในท้อง ถ่ายอุจจาระดำ เจ็บหน้าอกรุนแรง เป็นต้น) หรือพบในทารกที่มีอาการอาเจียนบ่อย ไอบ่อย หรือน้ำหนักตัวไม่ขึ้น ก็จะทำการตรวจเพิ่มเติม (เช่น การส่องกล้อง) เพื่อหาสาเหตุให้แน่ชัด
ถ้าพบว่าเป็นโรคกรดไหลย้อนที่ไม่มีภาวะแทรกซ้อนรุนแรง แพทย์จะแนะนำการปฏิบัติตัวสำหรับผู้ป่วย และให้ยาลดการสร้างกรดกลุ่มยับยั้งโปรตอนปั๊มป์ นาน 3-6 เดือน
โรคนี้มักจะมีอาการกำเริบเป็นครั้งคราว โดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้ายังมีพฤติกรรมทำให้โรคกำเริบ ดังนั้นจึงควรหลีกเลี่ยงพฤติกรรมเหล่านี้ ถ้าอาการกำเริบ ก็ควรให้ยากินเป็นครั้งคราวไปเรื่อย ๆ
ในรายที่กินยาไม่ได้ผล หรือมีภาวะแทรกซ้อน เช่น หลอดอาหารอักเสบรุนแรง หลอดอาหารตีบ กล่องเสียงอักเสบเรื้อรัง โรคหืดกำเริบบ่อย หรือมีไส้เลื่อนกะบังลมขนาดใหญ่ ก็อาจต้องรักษาด้วยการผ่าตัดซ่อมแซม (ผูก) หูรูดส่วนล่างของหลอดอาหารด้วยวิธีส่องกล้องเข้าช่องท้อง (laparoscopic fundoplication)
บางรายแพทย์อาจให้การรักษาด้วยวิธี "Radiofrequency therapy" โดยการใช้ความร้อนจากคลื่นวิทยุทำลายเนื้อเยื่อตรงส่วนปลายของหลอดอาหาร ทำให้เกิดแผลเป็นดึงรั้งให้หูรูดหดแน่น ช่วยให้อาการทุเลาได้