มักมีอาการปวดท้องเป็น ๆ หาย ๆ เรื้อรังตรงบริเวณกลางยอดอกหรือใต้ลิ้นปี่ บางรายอาจค่อนมาทางขวาหรือซ้ายก็ได้ เวลาที่ปวดมักสัมพันธ์กับมื้ออาหาร เช่น ก่อนหรือหลังอาหาร ลักษณะการปวดอาจปวดแสบ ปวดตื้อ จุกเสียด หรือมีความรู้สึกหิวข้าวก่อนเวลาอาหาร บางครั้งอาจมีอาการคลื่นไส้ อาเจียน หรือเรอเปรี้ยวร่วมด้วย
ในผู้ป่วยที่มีแผลลำไส้เล็กส่วนต้น มักมีอาการปวดท้องหลังกินอาหารแล้วประมาณ 1-3 ชั่วโมง หรือขณะท้องว่าง โดยมากจะเริ่มปวดตอนสาย ๆ ในช่วงบ่าย ๆ เย็น ๆ จะปวดมากขึ้น และอาจปวดมากตอนดึก ๆ จนต้องตื่นนอนหรือนอนไม่หลับ
อาการปวดมักดีขึ้นทันทีหลังกินอาหาร ดื่มนม หรือกินยาต้านกรด หรือหลังอาเจียน ถ้าแผลลุกลามไปที่ตับอ่อนอาจทำให้มีอาการปวดหลังร่วมด้วย และไม่หายปวดท้องหลังกินอาหาร
ในผู้ป่วยที่มีแผลกระเพาะอาหาร มักมีอาการปวดท้องหลังอาหารประมาณ 1/2-1 ชั่วโมง บางรายอาจมีอาการเบื่ออาหาร (ไม่อยากกิน เพราะกลัวปวดท้อง) และน้ำหนักลด
อาการปวดท้องมักเป็นอยู่นานหลายสัปดาห์ แล้วอาจหายไปได้เอง แต่ก็มักมีอาการกำเริบภายใน 1-2 ปีเป็นส่วนใหญ่ อย่างไรก็ตาม ลักษณะอาการของผู้ป่วยแผลลำไส้เล็กส่วนต้นกับแผลกระเพาะอาหาร บางครั้งก็อาจแยกจากกันได้ไม่ชัดเจน เช่น อาการปวดท้องตอนดึกก็อาจเกิดในผู้ป่วยแผลกระเพาะอาหารได้เช่นกัน
ผู้ป่วยบางรายอาจเป็นแผลเพ็ปติกโดยไม่มีอาการแสดงก็ได้ เช่น พบว่ากลุ่มที่เป็นแผลจากยาต้านอักเสบที่ไม่ใช่สตีรอยด์มีประมาณร้อยละ 50 ที่ไม่ปรากฏอาการหรือผู้ป่วยที่มีภาวะแทรกซ้อน (เช่น ถ่ายดำ) ก็อาจไม่มีอาการปวดท้องมาก่อนก็ได้